Большие группы клеток в здоровых тканях несут мутации, в том числе связанные с раком

Как пишет журнал Scienc, анализ последовательности РНК выявляет макроскопическое соматическое расширение клонов по нормальным тканям. Новое исследование показало, что большие группы клеток в здоровых тканях несут мутации, в том числе связанные с раком.

Соматические клетки могут накапливать мутации в течение жизни человека. Это генерирует клетки, которые генетически различаются в определенных фрагментах в геноме. Чтобы исследовать, как это генетическое разнообразие у людей способствует заболеванию, Yizhak et al. разработал метод обнаружения мутаций по данным РНК-секвенирования (см. «Перспектива» Томасетти). Применение этого метода к образцам атласа генома рака и нормальным образцам из проекта «Генотип-тканевая экспрессия» (GTEx) дало тканеспецифическое исследование накопления мутаций. Соматические мутации были обнаружены почти у всех индивидуумов и во многих нормальных тканях человека в областях генома, называемых «горячими точками» рака, и в генах, которые играют роль при раке. Интересно, что кожа, легкие и пищевод показали наибольшее количество мутаций, что позволяет предположить, что окружающая среда порождает множество человеческих мутаций.

Исследования генома рака способствовали анализу и открытию соматических мутаций, которые управляют ростом рака. Однако изучение генетического состава опухоли, когда она уже полностью развита, ограничивает нашу способность раскрывать, как и какие соматические мутации накапливаются в нормальных тканях на стадиях, предшествующих возникновению рака. Чтобы решить эту проблему, в последних исследованиях было проведено глубокое секвенирование на ограниченном количестве типов тканей и небольшом числе людей, выявив большое количество микроскопических клонов, несущих соматические мутации, некоторые из которых известны в генах рака. Эти данные подчеркивают необходимость раскрытия геномных событий, которые происходят во всех нормальных тканях. Хотя уже начались усилия по сбору и анализу ДНК из нормальных тканей, нам все еще не хватает полного каталога генетических событий и клональных свойств для большого количества тканей и индивидуумов. Анализируя содержание РНК, богатое информацией, которое стало возможным благодаря недавним достижениям в методах секвенирования РНК, мы можем существенно расширить масштабы и масштаб этих исследований.

Некоторые мутации, обнаруженные в ДНК, могут быть обнаружены в соответствующей РНК в зависимости от фракции аллеля мутации и охвата последовательности. Поэтому мы предположили, что тщательный анализ последовательностей РНК из нормальных объемных тканей может выявить соматические мутации, отражающие макроскопические клоны в образцах. В этой работе мы использовали большую коллекцию последовательностей РНК из проекта Genotype-Tissue Expression (GTEx), представляющую более 6700 образцов из ~ 500 особей, охватывающих 29 различных нормальных тканей.

Был разработан новый метод, называемый RNA-MuTect, для идентификации соматических мутаций с использованием образца РНК, полученного из ткани, и его ДНК

Генетические клоны, несущие соматические мутации, обнаруживаются в разных тканях в разной степени, и эти различия зависят от таких факторов, как воздействие на ткани мутагенов окружающей среды, естественная архитектура, скорость пролиферации и микросреда. Некоторые из этих клонов могут быть результатом генетического дрейфа. Другие, однако, могут развиваться в результате положительного отбора, обусловленного определенными соматическими событиями, что потенциально представляет собой самые ранние стадии онкогенеза. Исследования с высоким разрешением нормальных тканей и предраковых поражений необходимы, если мы хотим улучшить наше понимание как старения, так и раннего развития рака.

Оставьте первый комментарий

Оставить комментарий

Ваш электронный адрес не будет опубликован.


*